检疫处理是指检验检疫机关对经检疫不合格的动物、动物产品及其他检疫物所采取的强制性的处理措施。检疫处理的方式有除害、扑杀、销毁、退回或封存、不准出境、不准过境等。
根据《中华人民共和国进出境动植物检疫法》的规定，检疫处理按下列的原则办理：
(一)在输入动物时，检出中国政府规定的一类传染病、寄生虫病的，其阳性动物与其同群的其它动物全群退回或全群扑杀并销毁尸体;
(二)在输入动物时，检出中国政府规定的二类传染病、寄生虫病的，其阳性动物退回或扑杀，同群其它动物在动物检疫隔离场和动植物检疫机关指定的地点继续隔离观察;
(三)输入动物产品和其它检疫物，经检疫不合格的，作除害、退回或销毁处理，处理合格的，准予进境;
(四)输入的动物、动物产品和其它检疫物检出带有一、二类传染病、寄生虫病名录以外的，对农、林、牧、渔业生产有严重危害的其它疾病的，由口岸检验检疫机关根据有关情况，通知货主或其代理人作除害、退回或销毁处理，经除害处理合格的，准予进境;
(五)出境动物、动物产品和其它检疫物经检疫不合格或达不到输入国要求而又无有效方法作除害处理的，不准出境;
(六)过境的动物经检疫发现有我国公布的一、二类传染病、寄生虫病的，全群动物不准过境;
(七)过境动物的饲料受病原污染的，作除害、不准过境或销毁处理;
(八)过境的动物尸体、排泄物、铺垫材料及其它废弃物，须在口岸检验检疫机关的监督下进行无害化处理;
(九)对携带、邮寄我国规定的禁止携带、邮寄物进境的动物、动物产品和其它检疫物进境的，作退回或销毁处理;
(十)携带、邮寄允许通过携带、邮寄方式进境的动物、动物产品及其它检疫物经检疫不合格而又无有效方法作除害处理的，作退回或销毁处理;
(十一)进境运输工具上的动物性废弃物，必须经动植物检疫机关处理。根据检疫结果，对需要进行检疫处理的动物、动物产品和其它检疫物由口岸检验检疫机关签发相关 单证 ，通知货主或其代理人进行检疫处理，由口岸检验检疫机关监测处理结果，或由口岸检验检疫机关指定的或认可单位的按要求进行处理。
